فیلم «گودزیلا در برابر کونگ» داستان نبرد دو نیروی قدرتمند طبیعت «گودزیلا» و«کونگ» است. شرکتی با نام «ایپکس سایبرنتیک» قصد دارد «کونگ» را به قطب جنوب برده تا با استفاده از او به زیست بومی باستانی در زیر زمین که به عنوان «زمین تو خالی» معرفی می شود، راه پیدا کنند. با بیرون بردن «کونگ» از جزیره و مواجهه او با «گودزیلا» تهدیدی بزرگ زندگی بشریت را به خطر می اندازد.