فیلم «پرونده هاوانا‏» دکتری به نام «پژمان» است که پا را از خط بیرون گذاشته است. خودش هم این مسئله را می‌داند. بر او معلوم است که شرکت‌های چند ملیتی بازارهایشان را آسان به دست نیاورده‌اند که آسان از دست بدهند. سوء تفاهم عاطفی از یک سو و درگیری با همسرش از دیگر سو آغاز ماجراست.