داستان انیمیشن «لگو دی سی: مشکلات خانوادگی بتمن» از آن جا شروع می شود که «بتمن» «بت گرل» «رابین» و بقیه ابر قهرمانان دی‌ سی یک کارت دعوت مرموز دریافت می‌ کنند. بعد از این دعوت، طولی نمی‌ کشد که بتمن و تیمش با شخصیت شروری به نام «رد هود» روبرو می‌ شوند که آرزو دارد خانواده ابر قهرمانان و شهر گاتهام را از بین ببرد.