سریال «شاهزاده صد روزه» درباره زندگی شاهزاده ای به نام «لی یول» است. او پس از یک اتفاق و سقوط از صخره به مدت 100 روز تمام حافظه خود را از دست می دهد و با یک نام و شخصیت جدید سرگردان می شود. او در این مدت با «هونگ شیم» که رئیس اولین اداره آگاهی چوسان است، آشنا می شود.