مستند «سازمان» به بررسی بخشی از تاریخچه سازمان مجاهدین خلق، تاسیس، روند تغییر ایدئولوژی و ورود به فاز مسلحانه در سال ۱۳۶۰، جزئیات عملیات مهندسی و ترور‌های دهه ۶۰ می‌پردازد.