«منطقه پرواز ممنوع» با کنار هم چیدن تمام چیزهایی که در روزگار ما حتی اشاره‌ای ساده به آنها ممکن است نوعی شعار دادن به نظر برسد، توانسته است قصه بسازد. جدا از تمام ضعف‌ها و قوت‌های فیلم، این بزرگترین امتیاز آن است که مضامین ایدئولوژیک آن نه چیزهایی حمل شده بر قصه، بلکه اجزای تشکیل دهنده‌اش هستند، مثلاً جاسوس محیط زیستی را از فیلم حذف کنیم، خواهیم دید که خود قصه صدمه می‌خورد. پهپاد را از فیلم حذف کنیم، قصه لنگ می‌شود و همین‌طور است سایت ماهواره‌ای، حضور پدر خانواده در بیرون مرزها، دانشمندان بومی، خانزاده بودن دشمن ملت و بقیه عناصر دیگری که جداجدا هرکدام هاله‌ای از پرحرارت‌ترین بحث‌های سیاسی یا ایدئولوژیک را دور خودشان دارند.