انیمیشن «دختران ابر قهرمان: فرار مغزها» درباره سه قهرمان دختر متشکل از «زن شگفت انگیز»، «سوپرگرل» و «دختر خفاشی» است. بازی های ذهنی تازه زمانی شروع می شوند که این سه دختر هیچ خاطره ای از اعمال ناپسندی که مسئولیت آن ها را بر عهده داشتند، ندارند. اما این اعمال زندگی آن ها را تغییر داده است.