فیلم «ماموریت غیر ممکن: پروتکل شبح» از شهر «بوداپست» و ماموریت یکی از اعضای تیم برای شناسایی شخصی به نام «کوبالت» آغاز می شود. «ایتان هانت» که رهبر تیم است، سعی دارد از درگیری جدیدی بین آمریکا و روسیه جلوگیری کند. این در حالی است که گروهی از تروریست ها تلاش می کنند، از هر طریقی باعث اختلاف بین این دو کشور شوند.