مستند «مجمع عقلا» به بررسی چگونگی ختم جنگ ایران و عراق و پذیرش قطعنامه ۵۹۸ در تیرماه سال ۱۳۶۷ و مذاکرات پیرامونی آن و پس از آن به بررسی دوران سازندگی در دولت هاشمی رفسنجانی از سال ۱۳۶۸ تا ۱۳۷۶ می پردازد و تفکر مجمع عقلا برای اداره کشور را مورد بحث و بررسی قرار می دهد.